1 maja 2004 roku Polska wstąpiła do UE. Data ta jest osią historii formacji i od prawie 20 lat określa kierunki rozwoju i działania SG. To właśnie na Polsce spoczęła odpowiedzialność za skuteczną ochronę najdłuższego odcinka lądowego zewnętrznej granicy Wspólnot Europejskich.
Uszczelnienie granicy wschodniej, wprowadzenie europejskich standardów polityki migracyjnej, stworzenie kompatybilnej z europejską sieci informatycznej oraz przygotowanie do stosowania procedur przyjętych na wewnętrznych granicach UE były jednymi z wielu warunków, które musiała spełnić Polska dążąc do członkostwa w rodzinie narodów europejskich.
Przygotowania do spełnienia postawionych warunków trwały od końca lat dziewięćdziesiątych. W tym czasie Straż Graniczna została gruntownie zreorganizowana. Zwiększono liczbę jednostek na granicy zewnętrznej tak, aby jedna ochraniała ok. 20 kilometrów granicy. W większości przypadków oznaczało to stworzenie nowej infrastruktury, w skład której weszły nowe budynki stworzone według jednego, wspólnego dla wszystkich projektu. Dzięki funduszom pomocowym państw Europejskiego Obszaru Gospodarczego (EOG) zmodernizowano sprzęt techniczny formacji zaczynając od pojazdów i broni, przez nowoczesną aparaturę termo optyczną do sieci informatycznych włącznie. W ciągu kilkunastu lat modernizacja Straży Granicznej pochłonęła łącznie 1,5 miliarda złotych, z których większość stanowiły fundusze europejskie.
Wyodrębnione zostały specjalistyczne piony: graniczny – zajmujący się ochroną granicy i kontrolą ruchu granicznego, operacyjno-śledczy – rozpoznający i zwalczający zorganizowaną przestępczość graniczną oraz do spraw cudzoziemców – wykonujący czynności administracyjne w stosunku do obcokrajowców przybywających do Polski. Ujednolicono także system jednostek terenowych. 74 strażnice ochraniające linię granicy i 75 granicznych placówek kontrolnych, działających na przejściach granicznych, zastąpiono 136 placówkami Straży Granicznej. Placówki SG realizują zarówno zadania w zakresie zwalczania nielegalnej migracji i przestępczości o charakterze transgranicznym na terytorium kraju, jak i w zakresie ochrony granicy RP i kontroli ruchu granicznego.
W chwili wstąpienia do Unii Europejskiej Straż Graniczna była już nowoczesną formacją ochrony granic nie ustępującą bardziej doświadczonym formacjom państw europejskich, a wstąpienie do UE nie zatrzymało jej rozwoju. Zgodnie z traktatem akcesyjnym od razu wyznaczony został kolejny cel – wstąpienie do strefy Schengen, które nastąpiło w grudniu 2007 roku. Także do tego momentu należało formację przygotować, reorganizując jej struktury i zadania, a następnie przekształcać je tak, aby skutecznie wykonywać zadania wynikające z przynależności do struktur europejskich.
Skutkiem tych zmian jest m.in. obecna nowelizacja Ustawy o cudzoziemcach, która zacznie obowiązywać dokładnie w 10 rocznicę wstąpienia Polski do Unii Europejskiej. Zgodnie z jej postanowieniami Straż Graniczna staje się w pełni formacją graniczno-migracyjną, a do katalogu jej zadań dołączono m.in. zwalczanie handlu ludźmi i niewolnictwa.